河後森城の本格的な発掘調査は、平成３年度から始まりました。これまでの調査では、城の稜線部に展開する曲輪（くるわ）を中心に発掘を行い、多くの遺構や遺物を確認しています。
西第十曲輪での発掘調査の様子です。曲輪上では岩盤をくり抜いた多数の円い穴の跡が見つかっています。これらは、当時の建物や門、土塀などをつくるために用いられた柱穴跡だと考えられます。本郭や古城など他の曲輪でも同様に多数の柱穴跡が見つかっています。
本郭の西隣にある西第二曲輪南部で検出した堀切の跡です。底が平らになった箱堀の形状で、その西部では道の跡や門のような施設を検出しています。通路として使用されていた可能性があります。
風呂ヶ谷の発掘調査では、一基の井戸を確認しています。山側は岩盤を円形に削り、谷側は石を積んでいます。斜面から流れてくる山水をせき止めてためる仕組みをもった井戸です。深さは約２ｍあります。
本郭の南側で検出した道の跡です。山の斜面の岩盤を削って平らにし、上面には階段状の足がかりを設けていました。幅はおよそ1.5〜2.5ｍです。ここを登り、さらに左に折れると本郭に到着します。
